علامة طباطبایی به عنوان فیلسوفی مأنوس با کتاب و سنت، نظریة خداشناسی و دین فطری را از منابع دینی اقتباس کرده و در راه تبیین عقلانی آن کوشیده است. خداشناسی فطری براساس ادراک احتیاج به موجودی غیر محتاج، شناخت خداوند از طریق نظم جهان، شناخت خداوند از طریق علم حضوری معلول به علت و خداشناسی از طریق علم به ثبات واقعیت تقریرهایی است که علامه در مواضع مختلف از خداشناسی فطری ارائه کرده است. وی همچنین انسان را فطرتاً خداگرا می‌داند و این گرایش فطری را بر اساس محبوبیت فطری پروردگار، گرایش فطری به تأمین‌کنندة سعادت، امید فطری به خداوند در شداید و ... تبیین می‌کند. علامه دین اسلام را فطری معرفی می‌کند. وی در تفسیر این انگاره، گاه تلاش می‌کند تا اصول اعتقادی اسلام را از طریق تمسک به مقتضیات فطرت اثبات نماید و گاه در صدد برمی‌آید با تبیین‌های ویژة خود، مجموعة معارف اسلام(شامل اعتقادات، اخلاقیات و احکام) را متناسب با ساختمان وجودی انسان معرفی کند.
)