مخالفان علم منطق از قدیم الایام با رویکردهایی متفاوت، شبهاتی را علیه منطق پژوهی وارد کرده، از ناروایی روی آوری به این دانش سخن گفتهاند. این شبهات در یک دسته بندی قابل ارجاع به چهار دسته کلی هستند. نوشتار حاضر میکوشد ضمن گزارش این دستهها، نشان دهد که علامه طباطبائی کوشیده است در دفاع از منطق پژوهی، پاسخ های استواری را در برابر این قبیل شبهات پیش روی نهد. علامه علم مدون منطق را بازتاب طریق فطری فکر و استدلال میداند و تصریح میکند که بدون استمداد از منطق در معارف حقه اسلامی، حتی یک مساله را نمیتوان اثبات کرد. به باور وی حتی معترضان منطق پژوهی نیز در شبهات خود نسبت به اشتغال به علم منطق و صدور فتوای ناروایی اشتغال به این علم، چارهای از تمسک به همین طریق فطری ندارند. شبهات معترضان در یک دسته بندی کلی در چهار دسته زیر جای میگیرند؛- شبهات ناظر به فایده علم منطق؛- شبهات ناظر به درستی علم منطق؛- شبهات ناظر به انگیزه های ورود، ترجمه و ترویج منطق در جهان اسلام؛- شبهات ناظر به پیامدهای اشتغال به علم منطق.نوشتار حاضر میکوشد شبهات فوق را به آثار علامه طباطبایی از جمله تفسیر المیزان عرضه کند و پاسخهای وی به آنها را بیان و تا حد امکان با پاسخ های دیگران مقارن سازد.