آقانجفی از جمله صاحب‌نظرانی است که در مورد یکی از مهم‌ترین مسائل فلسفی و عرفانی یعنی مسئلة جایگاه انسان در هستی و ارتباط او با خدا سخن گفته است و از آنجا که به پیروی از افلاطون و ملاصدرا، معتقد به اصالت وحدت و تشکیک وجود است، انسان را موصوف به صفات الهی می‌شناسد (الا در مورد صفات عزت و تکبر که خاص خداوند است) و وصول حق را کمال مطلوب انسان و سعادت و کمال را غیرقابل انفکاک می‌داند. انسان در نزد او برتر از همة موجودات و ملائکه، (حتی در عبادت) و خلیفه و جانشین خدا در زمین است. از نظر آقانجفی دل شکستة مؤمنان جایگاه خداوند است. آقانجفی در حقیقت خداوند را از آن جهت که جامع کمال صفات انسانی است انسان کامل دانسته و با وجود اینکه تأثیر محیط و وارثت را نادیده نگرفته است، نقش اساسی را به فطرت و اختیار می‌دهد و ارادة انسان را در راستای ارادة الهی می‌داند. از نظر او علم الهاماتی غیبی و فیوضاتی باطنی است که از مقام شامخ عقل فعال بر قلوب معموره ریزش کرده و انسان توانایی آن را دارد که از طریق کشف و مشاهدة باطنی اندیشه‌اش را ارتقا بخشد. او بــه عنـوان یک فیــلسوف مصـلح، در صحنه‌های اجتماعی،عقاید مذهبی را برای حل و فصل مسائل اجتماعی در یک حوزة فعال فرهنگی به کار بسته و حسن استفاده را می‌کند.
)